Les structures municipales de l'archipel ont subi bien des transformations depuis la création en 1846 de la première municipalité des Îles-de-la-Madeleine. Cette municipalité, qui couvrait à l'origine l'ensemble du territoire, fut dans un premier temps rattachée au comté de Gaspé jusqu'en 1855, année où la Municipalité des Îles deviendra elle-même municipalité de comté. Cette structure existera jusqu’en 1875, moment où un conseil de comté sera créé à partir de 3 entités distinctes, soit la Municipalité de Havre-Aubert au sud, celle de L’Étang-du-Nord au centre et celle de Havre-aux-Maisons au nord.

Par la suite, les limites territoriales municipales ont évolué de la façon suivante : 

Aujourd'hui, le conseil de la Municipalité des Îles-de-la-Madeleine est composé du maire et de six conseillers. L'agglomération des Îles-de-la-Madeleine comprend la Municipalité des Îles-de-la-Madeleine et la Municipalité de Grosse-Île.

En ce qui concerne la coopération, il est à noter que la Municipalité des Îles-de-la-Madeleine est jumelée avec le département français de la Manche depuis 1994. En 2009, à l'occasion du 15^e anniversaire de jumelage et des 25 ans de jumelage entre la Manche et Miquelon, une convention de coopération a été signée entre les trois territoires. Vous pouvez accéder au document en suivant le lien ci-dessous.

Entente tripartite