Le territoire de la municipalité des Îles-de-la-Madeleine est situé en plein cœur du golfe du Saint-Laurent, plus exactement à 105 km de l'Île-du-Prince-Édouard, à 95 km du Cap Breton et à 215 km de la péninsule gaspésienne. Géographiquement, l'archipel madelinot est donc plus près des provinces atlantiques que de la province de Québec à laquelle il est officiellement rattaché depuis l'Acte de Québec de 1774.

La superficie du territoire de la municipalité (superficie terrestre reconnue) est de 200 km carrés. Si l'on inclut l'espace occupé par les lagunes et les superficies de sable découvertes ou faiblement submergées lors des marées les plus basses, on obtient une surface d'environ 360 km carrés. Toutefois, lorsqu'on parle d’espace constructible, il faut retirer à cette superficie terrestre reconnue (200 km carrés) l’imposant cordon dunaire qui, à lui seul, représente 60 km carrés, soit 30 % du territoire. L’espace pouvant être occupé par l’habitat est donc de 140 km carrés.

L’archipel comprend une quinzaine d'îles, dont huit sont habitées. Sept de celles-ci sont reliées entre elles par d’étroites dunes de sable; ces îles sont, du nord au sud : l’île de la Grande Entrée, l’île de l’Est, la Grosse Île, l’île au Loup, l’île du Havre aux Maisons, l’île du Cap aux Meules et l’île du Havre Aubert. Pour sa part, l'île d'Entrée, située à 16 km de celle du Cap aux Meules, demeure la seule île habitée à ne pas être reliée à l'archipel par la route, mais plutôt par voies maritime et aérienne. S’ajoutent quelques îles non habitées, dont la plus importante est l’île Brion.